یکی از این ابعاد مغفول، جایگاه علمی و نقش تربیتی او، به عنوان یک عالم دینی است که تلاش می‌شود تا در این مجال کوتاه به گوشه‌ای از آن اشاره شود. زندگی سراسر مبارزه و فداکاری مدرس، با یک دوره طولانی از تبعید و حبس در «خواف»، شهری در ۲۵۰ کیلومتری جنوب غربی مشهد، به پایان می‌رسد؛ به تعبیر خود او: «در مَحبسی که مسلمان نشنود و کافر نبیند.» مدرس می‌گوید: «در دالانچه‌ای که تقریباً دو ذرع و چهاریک، در یک ذرع و چهاریک بود، گلیمچه‌ای تقریباً دو ذرع در یک ذرع انداخته با پوستین نیمداری که داشتم در آنجا منزل کردم و اغلب اوقات در آن دالانچه باز نبود. در امور زندگی هم فقط اسم نان و آبی برده می‌شد.» این دوره، «۹ سال و یک ماه و ۲۴ روز» به درازا کشیده و با شهادت او پایان یافته است. در غالب این مدت، مأموران و زندانبانان، بنا به دستور، با وی سخت می‌گرفته‌اند؛ تا جایی که یکبار به آنان می‌گوید: «اگر مقصود تلف کردن من است، چرا این رویه و تضییقات غیرمرسوم و غیرعادی را پیش گرفته‌اید که مرا زجرکش کنید؟!» وقتی در بیست و یکمین ماه تبعید، نخستین نامه از فرزندش به او می‌رسد، چنان برای مدرس لذت بخش و غیر منتظره بوده که در یادداشتی می‌نویسد: «تا کنون هیچ خبری از حال و حیات و ممات احدی نداشتم.» و کار به جایی می‌رسد که روزی یکی از مأموران به وی اطلاع می‌دهد: «مطابق مکتوب واصله، عیال شما در تهران اظهار کرده است: یا نفقه به من دهند یا طلاق.» از جهت دیگر، تصور کنید که چه زجری از نظر فقدان بهداشت و نظافت بر او تحمیل کرده بودند که خودش می‌نویسد: «تقریباً یک سال است که سرم تراشیده نشده» است، و نوایی، یکی از مأموران سرشناس نظمیه وقت گفته است: «به دیدن او به خواف رفتم. یک چشمش نابینا شده و موی سر و ریشش دراز و ژولیده و پشت او خمیده بود». اما با همه این احوال، مدرّس می‌نویسد: «از جمله اعمالی که در مدت حبس، تکرار آن را روز و شب اهمیت می‌دادم، سجده شکر بود.» نکته جالب این است که مدرس با همه این احوال، هیچگاه ناامید و سست نشد؛ و دست از تعلیم و تربیت و مهربانی و خوش رفتاری که رسالت اصلی عالمان واقعی است برنداشت؛ حتی با دو زندانبانی که معتاد هم بودند، و به این ترتیب دردی بر دردهای او افزوده بودند؛ چندانکه خودش می‌گوید: «خیلی نادراً به من سرکشی می‌کردند. در امورات و معیشت من هم حتی آب و نان، بسا می‌شد که از موقع خود به تأخیر می‌افتاد. اگر وقتی یک چیز جزئی، محل احتیاج واقع می‌شد مجبوراً تأمل باید کرد تا یکی از این دو نفر اتفاقاً از محل خود وارد صحن محبس شوند تا به او اظهار شود. آن هم غالباً بی‌نتیجه می‌ماند؛ چون گرفتاری این دو نفر بیچاره مریض از جهت خرج و برج و وقت خیلی زیاد بود.» از جمله، مقرری معاش مدرس در این مدت، روزانه پنج قِران بوده است؛ در حالی که مأمورانش فقط روزی دو عدد نان که نیم قران بیشتر نمی‌شد، به او می‌داده‌اند. مدرس با زبان طنز به مأموران می‌گوید: «خیلی نامناسب است عُشر کردن (یعنی یک‌دهم را به من دادن و بقیه را برای خود برداشتن)؛ اگر زیادتر ممکن نیست، خوب است مقرر کنید همان نیم قران را (در) اختیار من گذارند؛ شاید روزی مقتضی شد که به مصرف غیر نان برسانم!» با این حال، مدرس برای آنان دل می‌سوزاند، شرایط آنان را درک و رفتارشان را توجیه می‌کرد. او در یکی از خاطرات خود می‌نویسد که مأموران مراقب «باکمال پریشان‌حالی» به او گفته‌اند: «دستور سختگیری نسبت به شما، به ما داده شده است. من گفتم: شما به وظیفه خود رفتار کنید.» در جای دیگری هم نوشته است: «شب عیدی گذشت، چه گذشتنی! خصوصاً از برای دو نفر مأمور معذور. از یک طرف موظف بودند به وظیفه خودشان که من هم خیلی مراعات می‌کردم. از یک طرف مشاهده وضعیات اسفناک من. هر وقت مِنْ بابِ ضرورت بیرون آمده، حال آنها را مشاهده می‌کردم حقیقتاً متألم می‌شدم.» این شهید بزرگ، دلسوزانه تأکید می‌کند که رفتار زجرآور مأموران عمدی نبوده، بلکه ناشی از بیماری اعتیاد آنان است؛ نه اینکه «نسبت به من سوء ادبی» نموده باشند.

یا وقتی که از بخت خوش، یکی از دو مأمور معتاد جای خود را به مأمور جدیدی به نام «ناصرقلی خان جوانشیری» می‌دهد، و مدرّس او را «اهل فضل و کمال» و دارای استعداد می‌بیند، به درخواست او مبنی بر تدریس معقول و عرفان پاسخ مثبت می‌دهد. مدرس می‌گوید: «ناصر قلی خان چند روز بعد از ورود، اظهار اشتیاق به مذاکره علمی نمودند. سؤال کردم از چه مقوله‌ای؟ گفتند: از عرفان و معقول!» آن شهید می‌گوید: «این مسأله خیلی موجب حیرت شد»، و لذا به جست و جوی حقیقت روی می‌آورد و بالاخره درمی‌یابد که مأمور جدید طی مدت تحصیلش در اسلامبول تحت تأثیر استادی قرار گرفته است و «آن شخص بزرگ، جزاه‌الله خیرالجزاء، تخمی در زمینه دل ایشان کاشته و آن بذر هنوز نپوسیده و در مقام نموّ است… بنابراین، مهیا شدم که شروع کرده به قدر استعداد، این بذر کشته در قلب ایشان را آبیاری کنم. شب‌ها، الّا نادراً، بعد از فراغ از نماز و اعمال مرتّبه، تقریباً شبی دو ساعت قبل از صرف شام مشغول حال و قال می‌شدم.» از بخت خوش، بخشی از آنچه مدرس، بدون دسترسی به منبعی برای مطالعه، و با آن همه آزار جسمی و فشار روحی به این مأمور نظمیه تدریس کرده و گزیده آن را نوشته است، اینک با نام «گنجینه خواف» در دسترس ماست. این نام را خود شهید انتخاب کرده و نوشته است: «تقریباٌ در عرض شش ماه، توسط سه دفتر، قسمت سوم از گنجینه خواف که هر یک مشتمل بر یک مقدمه و ۴۰ درس و یک خاتمه می‌باشد، آن بذر آبیاری شد.» موضوعات و مباحث این درس‌ها حول چهار محور خود شناسی، انسان شناسی، هستی شناسی و خدا شناسی است. داستان پیدایش این دستنوشته‌ها نیز جالب است. گویا مدرس آنها را به یکی از مأموران می‌دهد تا به تهران و به دست فرزندش برساند. به هردلیل این اتفاق نمی‌افتد، و بعدها معلوم می‌شود که «دکتر مهدی ملک زاده»، طبیب وقت ژاندارمری، یادداشت‌ها را از شخصی که آن را در اختیار داشته خریداری کرده و سپس نزد وراث او باقی مانده است. سال‌های سال بود که محققان از وجود چنین گمشده‌ای، البته با نام‌های مختلف یاد می‌کردند؛ بدون اینکه کسی از سرنوشت آن خبر داشته باشد؛ تا اینکه نوه دکتر ملک‌زاده، یعنی خانم دکتر شیرین بیانی، استاد گروه تاریخ دانشگاه تهران، در سال ۱۳۸۱ پاکت سربسته‌ای را در میان اشیای بازمانده از پدر بزرگ خود می‌یابد که روی آن نوشته شده بود: «یادداشت‌های مربوط به مدرس». با تحقیق و بررسی معلوم می‌شود که «محتویات درون پاکت، در واقع همان دستنوشته‌های مرحوم مدرس در دوران حبس و تبعید در خواف است که در برخی منابع به آن اشاره شده و تا کنون محل نگهداری آن معلوم نبوده است و برخی احتمال از بین رفتن آن را می‌داده‌اند.» از مطالعه این کتاب که برای نخستین بار در سال ۱۳۸۵ با نام «گنجینه خواف (مجموعه درس‌ها و یادداشت‌های شهید سید حسن مدرس در تبعید)» منتشر شد، درس‌های زیادی می‌توان آموخت.