در ۲۴ اسفند ۱۳۶۰ یعنی در شرایطی که نه تنها در عرصه جریانات داخلی کشور احزاب نیرومند اسلامی حضور فعال داشته بلکه هنوز جنایت‌های سازمان منافقین در اوج بود و حزب توده و بسیاری از احزاب کمونیستی و ملی‌گرا رسما و علنی فعالیت می‌کردند، یعنی در شرایطی که اگر قرار بود سپاه و بسیج و قوای نظامی در مسائل سیاسی احزاب مداخله کنند قطعاً آن دوران مصداق بارز آن بوده است، امام‌خمینی با صراحت می‌فرمایند : «ورود سیاست در ارتش شکست ارتش است، این را باید بدانید و شرعا جایز نیست.»
امام خمینی در همین سخنرانی _ و در فرازهایی دیگر که نقل خواهد شد _ ورود قوای نظامی و بسیج به عرصه مناقشات سیاسی حتی به نفع خالص‌ترین جناح‌ها و جریان‌های صددرصد اسلامی را نیز صراحتا نهی کرده است. امام می‌فرمایند : « من عرض می‌کنم به همه این قوا و به فرماندهان این قوا که این افراد در هیچیک از احزاب سیاسی، در هیچیک از گروه‌ها وارد نشوند. اگر ارتش یا سپاه پاسداران یا سایر قوای مسلحه در حزب وارد بشود، آن روز باید فاتحه آن ارتش را خواند، در حزب وارد نشوید، در گروه‌ها وارد نشوید اصلا، تکلیف الهی _ شرعی همه شما این است که یا بروید حزب یا بیایید ارتش باشید؛ مختارید از ارتش کناره‌گیری کنید بروید در حزب، میل خودتان، اما هم ارتشی و هم حزب، معنایش این است که ارتشی باید از ارتشی‌اش دست بردارد، بازی‌های سیاسی باید توی ارتش هم وارد بشود، در هر گروهی که وارد هستید باید از آن گروه جدا بشوید، ولو یک گروهی است که بسیار مردم خوبی هم هستند، ولو یک حزبی است که بسیار حزب خوبی هست، لکن اصل وارد شدن در حزب برای ارتش، برای سپاه پاسداران، برای قوای نظامی و انتظامی وارد شدنش جایز نیست، به فساد می‌کشد اینها را، و من عرض می‌کنم که کسانی که در رأس ارتش هستند و کسانی که در رأس سپاه پاسداران هستند موظف هستند که ارتش را و سپاه را و سایر قوای مسلح را از احزاب کنار بزنند و اگر کسی در حزب هست، باید او را از ارتش بگویند یا در آنجا یا در اینجا و همین طور سپاه پاسداران و همین طور سایر قوای مسلح باید وارد در جهات سیاسی نشوند تا انسجام پیدا بشود. اگر وارد بشوید، بالاخره به هم خواهید زد خودتان را و بالاخره در مقابل هم خواهید ایستاد و نظام را به هم خواهید زد و اسلام را تضعیف خواهید کرد. تکلیف همه شما این است که با هم باشید بدون اینکه در یک حزب یا در گروهی وارد شده باشید، هر گروهی می‌خواهد باشد. گروه فاسد که ان‌شاءا… وارد نمی‌شوید، گروه‌های بسیار خوب هم وارد نشوید. باید شما مستقل، بدون اینکه پیوند به یک گروهی داشته باشید مستقل باشید و از حزب‌ا… تعالی شأنه … این گروه‌های اسلامی هم نباید دخالت در امور ارتش بکنند و نباید در آنجا افراد داشته باشد، تا بتوانید یک عضو صالح و یک ارتش و سپاه پاسداران منسجم و صالح و قدرتمند باشید. ورود سیاست در ارتش شکست ارتش است، این را باید بدانید و شرعا جایز نیست و من امر می‌کنم به شما که یا در ارتش یا در حزب، دوم ندارد که بخواهید هم ارتشی باشید، هم حزبی، نمی‌شود.»
ایشان به تجربه جهانی در این زمینه هم اشاره کرده‌اند: «همه دنیا که دنبال این هستند که ارتششان از امور سیاسی کنار باشد، آنها یک چیزی می‌فهمند که می‌گویند این را. ما که می‌خواهیم که سپاه و ارتش جندالله باشند و دسته‌بندی نداشته باشند و جهات سیاسی را کنار بگذارند، برای اینکه اگر جهات سیاسی و مناقشات سیاسی در سپاه رفت و در ارتش رفت، باید فاتحه این ارتش و سپاه را ما بخوانیم.»

امام خمینی می‌فرمایند : «برای سپاهی‌ها جایز نیست که وارد بشوند به دسته‌بندی و آن طرفدار آن یکی، آن یکی طرفدار آن یکی، به شما چه ربط دارد که در مجلس چه می‌گذرد؟ در امر انتخابات باز هم به من اطلاع دادند که بین سپاهی‌ها هم باز صحبت هست. خوب! انتخابات در محل خودش دارد می‌شود، جریانی دارد، به سپاه چه کار دارد که آنها هم اختلاف پیدا کنند؟ برای سپاه جایز نیست این. برای ارتش جایز نیست این. سپاهی را از آن تعهدی که دارد، از آن مطلبی که به عهده اوست باز می‌دارد و همین طور ارتش را. و ما در گفتارمان، در کردارمان که در محضر خدای تبارک و تعالی واقع است، باید فکر بکنیم…»

آن بزرگوار، همچنین در زمان تشکیل وزارت سپاه فرموده است : «باید سعی کنید جهات سیاسی در سپاه وارد نشود، که اگر افکار سیاسی وارد سپاه شود جهات نظامی آن از بین می‌رود. همیشه به سپاه سفارش کنید که آنان خودشان را یک جنگنده خدمتگزار مردم بدانند.»

ایشان در پیام ۲۹ فروردین ۱۳۶۱ خطاب به تمامی نیروهای نظامی چنین می‌نویسد : «از امور مهمی که باید تمام نیروهای مسلح از آن پیروی کنند و اغماض از آن به هیچ‌وجه نمی‌توان کرد و باز هم تذکر داده‌ام، آن است که هیچیک از افراد نیروهای مسلح، چه رده‌های بالا یا پایین در حزب و گروهی با هر اسم و عنوان نباید وارد شوند، هر چند آن حزب و گروه صددرصد اسلامی و به جمهوری اسلامی وفادار باشند و هر کس در یک حزب و گروه وارد شد باید از ارتش و سپاه و سایر قوای انتظامی و نظامی و قوای مسلح خارج شود و فرماندهان و مسوولان موظف هستند که هر کس در یکی از احزاب یا گروه‌های سیاسی یا دینی وارد شد به او تذکر دهند که از حزب و یا گروه‌ها و یا سازمان خارج شود، و اگر تخلف کرد او را از ارتش یا دیگر قوای مسلح اخراج کنند، و همه افراد موظف‌اند چنین اشخاصی را به فرماندهان معرفی نمایند و باید توجه داشته باشند که ورود قوای مسلح در احزاب و گروه ها و سازمان‌ها، پایه قوای مسلح را متزلزل خواهد کرد و غفلت از این امر موجب پیگرد خواهد بود.»

در وصیت نامه رهبر کبیر انقلاب نیز که راهنمای امروز و هر روز فرزندان انقلاب اسلامی است، چنین می‌خوانیم : «وصیت اکید من به قوای مسلح آن است که همان‌طور که از مقررات نظام، عدم دخول نظامی در احزاب و گروه‌ها و جبهه‌ها است به آن عمل نمایند؛ و قوای مسلح مطلقاً، چه نظامی و انتظامی و پاسدار و بسیج و غیر اینها، در هیچ حزب و گروهی وارد نشده و خود را از بازی‌های سیاسی دور نگه‌دارند. در این صورت می‌توانند قدرت نظامی خود را حفظ و از اختلافات درون‌گروهی مصون باشند و بر فرماندهان لازم است که افراد تحت فرمان خود را از ورود در احزاب منع نمایند. و چون انقلاب از همه ملت و حفظ آن بر همگان است، دولت و ملت و شورای دفاع و مجلس شورای اسلامی وظیفه شرعی و میهنی آنان است که اگر قوای مسلح، چه فرماندهان و طبقات بالا و چه طبقات بعد، برخلاف مصالح اسلام و کشور بخواهند عملی انجام دهند یا در احزاب وارد شوند _ که بی‌اشکال به تباهی کشیده می‌شوند _ و یا در بازی‌های سیاسی وارد شوند، از قدم اول با آن مخالفت کنند، و بر رهبر و شورای رهبری است که با قاطعیت از این امر جلوگیری نمایند تا کشور از آسیب در امان باشد.»

این وصیت همان کسی است که اسلام را عین سیاست می‌دانست و تفکیک دین از سیاست را هرگز روا نمی‌شمرد.

نکته آموزنده آنکه امام خمینی می‌خواستند بسیج و سپاه و ارتش مظهر وحدت و انسجام و همبستگی ملی باشند و نه عرصه مناقشات سیاسی و جناحی و همان‌گونه که در بیانات ایشان تصریح شده است، این یکی از دلایل اصرار بر عدم ورود نظامی‌ها در احزاب، گروهها و دسته‌بندی‌های سیاسی است(متن بالا خلاصه ای است از مقاله بلند آقای حمید انصاری از موسسه تنظیم و نشر آثارامام خمینی ره).