با این حال هنوز هم برخی آرای وی، از جمله در زمینه حقوق و سیاست، چنانکه باید و شاید مورد بررسی قرار نگرفته است. یکی از این موضوعات مغفول « حقوق بشر و شهروندی از نگاه اسلام» و وظایف حکومت دینی در برابر آن است؛ موضوعی که این نوشتار کوتاه در صدد اشاره به آن است و بر این باور است که توجه به آن می تواند ژرفای اندیشه اسلامی و پویایی آن و نیز بی پایه بودن برخی اظهار نظرهایی را که دستاویز بیگانگان برای تبلیغ علیه دین قرار می گیرد، به نمایش بگذارد.

در این فرصت، تأکید بر نکته های زیر از میان همه گفته های ایشان در این زمینه کافی است:
۱- اعتقاد به حقوق انسان: آیا شهروندان ، و اصولاً انسانها دارای حقی هم هستند یا نه؟! شاید این سوال در نگاه اول کمی عجیب به نظر برسد. اما به هر حال پرسشی است که نباید بی پاسخ بماند. پاسخ عده ای به این سوال منفی است، و متاسفانه با صدای بلندی که پیدا کرده اند عقیده خود را به نام حکم دین هم تبلیغ می کنند.اما در حالی که برخی تمایل به پذیرش «حقوق» ندارند و فقط سخن از «حدود» و «تکالیف» می گویند، مطهری در موارد متعدد بر اعتبار حقوق بشر و شهروندی از نظر اسلام تصریح کرده است. به نظر وی «اسلام به حقوق فطری و عدالت تکوینی قائل است.»، و حتی «اسلام آزادی را فوق حق می داند.»
۲- حق مطالبه حقوق بشری : مطهری می گوید هر انسانی که پا به این جهان می گذارد، چون انسان است دارای حقوقی است و از این رو می تواند، بلکه باید آن را مطالبه کند و در برابر تضییع آن ساکت نماند. او می پرسد چگونه می توان مقاومت در برابر تضییع مال را جهاد و فدا شدن برای آن را شهادت نامید، اما برای تضییع حقوق و آزادی ها چنین حکمی صادر نکرد؟! او حتی جهاد ابتدایی را نیز نوعی دفاع از حقوق انسان ها دانسته و معتقد است «جنگ برای حقوق انسانیت مشروع و مفید است.». همچنین می گوید: «امر به معروف مصداق دفاع از حقوق انسانی است.» و به همین جهت «باید (آن را) مقدس بشماریم چون دفاع از حقوق انسان ها است».
۳- وجوب رعایت حقوق مردم: حکومت در اسلام موظف به پاسداری و اجرای حقوق شهروندی است. مطهری با اثبات این گزاره در کتاب سیری در نهج البلاغه، هشدار می دهد که بی توجهی به آن آثار جبران ناپذیری بر گرایش های دینی باقی می گذارد. به عقیده او «یکی از موجبات عقبگرد مذهبی این است که اولیای مذهب میان مذهب و یک نیاز طبیعی تضاد برقرار کنند؛ مخصوصا هنگامی که آن نیاز در سطح افکار عمومی ظاهر شود.»
مطهری به یک نمونه تاریخی هم اشاره می کند: «درست در مرحله ای که استبداد ها و اختناق ها در اروپا به اوج خود رسیده بود و مردم تشنه این اندیشه بودند که حق حاکمیت از آن مردم است، از طرف کلیسا یا طرفداران کلیسا و یا با اتکا به افکار کلیسا این فکر عرضه شد که مردم در زمینه حکومت فقط تکلیف و وظیفه دارند نه حق. همین کافی بود که تشنگان آزادی و دموکراسی و حکومت را بر ضد کلیسا، بلکه بر ضد دین و خدا به طور کلی برانگیزد.»
استاد شهید چنین طرز تفکری را «اندیشه ای خطرناک و گمراه کننده» می نامد «که درگرایش گروهی به ماتریالیسم سهم بسزایی دارد» و البته «از نظر اسلام، درست امر برعکس آن اندیشه است».
۴- لزوم آموزش حقوق شهروندی: از دیدگاه مطهری حاکمان دینی نه تنها ملزم به رعایت حقوق و آزادی های شهروندی هستند و نه تنها مطالبه این حقوق از سوی مردم ناپسند نیست، که حاکمیت، خود موظف به آموزش این حقوق به مردم است. از نظر او «در قرآن کریم آن چه به این صورت آمده که ای بشر زمین و آسمان رابرای تو آفریده ایم ، اثرش آشنا شدن به حقوق و کرامت ذاتی خود است» ، و البته «از شئون آشنایی به حقوق این است که تنها به آشنایی و معرفت حقوق اکتفا نشود بلکه یک نوع حس و غیرتی فوق منافع مادی در افراد پیدا شود نظیر حس دفاع از ناموس …. از این بالاتر این که حقوق، مقدس شناخته شود و فدا شدن برای حق، فداشدن در راه خدا و در راه عالی تر تلقی شود.»
۵- نقدی بر نظام آموزشی و تبلیغی: از همین جاست که مطهری به انتقاد از روش تبلیغی و آموزشی رایج می پردازد و تأکید بر حقوق در کنار تبیین حدود را توصیه می کند و معتقد است افراط در هر یک زیان بار است و باید به سوی تعادل میان حقوق و حدود شتافت: «فرق ما و فرنگی ها، یعنی گویندگان و نویسندگان اخیر ما و آن ها در این است که آن ها همت گماشتند ملت را به حقوق خود آشنا کنند و ماسعی داشتیم ملت را به حدود شان آشنا کنیم. گفته ها و نوشته های آن ها جنبه تحریک داشت و گفته ها و نوشته های ماجنبه تسکین. آن ها خطیب بودند و ما واعظ. … وعظ می خواهد وجدان اخلاقی را تقویت کند و به کمک نفس لوامه بشتابد بر خلاف خطابه که می خواهد حس غیرت و دفاع از حقوق را که غریزی هر انسان است برانگیزاند وای به حال جامعه ای که فقط وعظ و آشنا کردن به حدود داشته باشد و یا فقط خطابه و آشنا کردن به حقوق».
داوری باشما تا بگویید که این همه تیزبینی و انصاف، این همه نیک اندیشی و صراحت، و این همه خیر خواهی و صداقت را چقدر یکجا و در یک فرد می توان یافت؟!
برای همین است که تکرار این نگرانی و بعد هم سفارش امام خمینی عزیز (ره) را بی مناسبت نمی بینم که در نخستین سالگرد شهادت استاد، نوشت: « شنیده مى‏شود که مخالفین اسلام و گروههاى ضدّ انقلاب در صدد هستند که با تبلیغات اسلام شکن خود دست جوانان عزیز دانشگاهى ما را از استفاده از کتب این استاد فقید کوتاه کنند. من به دانشجویان و طبقه روشنفکران متعهّد توصیه مى‏کنم که کتابهاى این استاد عزیز را نگذارند با دسیسه‏هاى غیر اسلامى فراموش شود. از خداوند متعال توفیق همگان را خواهانم».